Në kuadër të Institutit funksionojnë disa sektorë. Më i rëndësishmi është sektori për veprimtari hulumtuse-shkencore, ku në fillim ishin vetëm pesë departamente, kurse gjatë viteve të fundit ky numër u dyfishua, dhe tani ekzistojnë dhjetë departamente:
- Departamenti i Gjuhës Shqipe;
- Departamenti i Letërsisë Shqipe;
- Departamenti i Historisë së Shqiptarëve në Maqedoninë e Veriut dhe i Lëvizjeve Demografike;
- Departamenti i Etnologjisë, Historisë së Artit dhe Arkitekturës Popullore;
- Departamenti i Lidhjeve Kulturore, Historike dhe Gjuhësore mes Shqiptarëve dhe Maqedonasve me Popujt tjerë të Rajonit;
- Departamenti i Marrëdhënieve Shqiptare – Osmane;
- Departamenti për Edukimin dhe Studimin e Holokaustit;
- Departamenti i Muzeologjisë;
- Departamenti i Kulturës Materiale;
- Departamenti i Trashëgimisë së Gonxhe Bojaxhiut – Nënë Terezës.