Në ITSHKSH-Shkup janë të angazhuar mbi 30 punëtorë, kryesisht doktorë dhe magjistra të shkencave filologjike dhe historike, ndërsa një pjesë më e vogël bëjnë pjesë në pjesën administrative.
Në kuadër të Institutit funksionojnë disa sektorë. Më i rëndësishmi është sektori për veprimtari hulumtuse-shkencore, ku në fillim ishin vetëm pesë departamente, kurse gjatë viteve të fundit ky numër u dyfishua, dhe tani ekzistojnë dhjetë departamente:
- Departamenti i gjuhës shqipe;
- Departamenti i letërsisë shqipe;
- Departamenti i historisë së shqiptarëve në Maqedoninë e Veriut dhe i lëvizjeve demografike;
- Departamenti i etnologjisë, historisë së artit dhe arkitekturës popullore;
- Departamenti i lidhjeve të ndërsjella kulturore, historike dhe gjuhësore mes shqiptarëve dhe maqedonasve me popujt tjerë të rajonit;
- Departamenti i marrëdhënieve shqiptare-osmane;
- Departamenti për edukimin dhe studimin e Holokaustit;
- Departamenti i muzeologjisë;
- Departamenti i kulturës materiale;
- Departamenti i trashëgimisë së Gonxhe Bojaxhiut – Nënë Terezës.